Да, но не забывай про DirectX.
Ты говоришь сейчас про так называемый режим окна "Fullscreen Windowed". Это обычное окно во весь экран без рамок, и тут возможно рисовать свой external оверлей, ибо винда обрабатывает каждое окошко.
А есть Fullscreen. Чувствуешь разницу? Нет? Я пока тоже. Ну так вот, при инициализации DirectX ты скармливаешь ему параметр Windowed. Если оно равно false, то такое понятие как "окно" исчезает. У тебя даже Alt-Tab не будет работать без необходимой процедуры. Я так понимаю, на этом этапе DirectX меняет графический режим на свой (единственное что нашел), и, как ты уже понял, в таком режиме он рисует только своё окно и на то что в Windows маячит еще несколько окон ему вообще пофигу, он даже не отвлекается на них. Думается мне, что тут даже GDI не встревает в такой момент, что позволяет достичь значительного прироста FPS. Соответственно, что нам остается? Пральна, внедрится в какую-нибудь функцию отрисовки фрейма DirectX, и тут у нас рождается internal оверлей.
PS вообще как там графический режим работает и что-куда переключается я толком сам не знаю. Я вообще в графике не шарю почти Так, порылся чутка в инете, нашел вот ту штуку на msdn, думаю она тут рулит.