Это фиксится легко и быстро, но для тестов нужна камера, не буду же каждые 5-10 секунд после написания патча часа в 3-4 утра звонить в скайп ради теста в несколько секунд.
В общем для фикса тебе понадобиться создать новый сегмент в длл чтобы прописать новую/модифицированную функцию, пропатчить хедеры и повесить хук на функцию сохраняющую настройки для того, чтобы изменить путь сохранения настроек, как я себе это представляю. Хук делает двойное сохранение настроек в разных местах, но ещё дописывается его хеш пусть хоть это будет обычный CRC, если он не совпадает, то проверяется хеш копии сохранения в другой месте и если все хорошо, то передает копию конфига на считывание программе. А на счет кривого сохранения, лучше посмотреть с помощью Process Hacker куда сохраняются настройки, может они вообще во временную папку сохраняются.